L’ARN viral et les anticorps trouvés chez des renards hollandais, des martres, un blaireau et une belette révèlent un débordement généralisé tout en laissant le rôle des carnivores dans la transmission non résolu.

Étude: Les carnivores sauvages des Pays-Bas présentent des preuves moléculaires et sérologiques d’une infection par le virus du Nil occidental et le virus Usutu. Crédit d’image : Werner rebelle/Shutterstock

Dans un récent article sous presse dans la revue Virus npjles chercheurs ont évalué les preuves moléculaires et sérologiques de la présence du virus du Nil occidental (VNO) et le virus Usutu (CROIRE) exposition chez les carnivores sauvages en liberté aux Pays-Bas.

Arrière-plan

Chaque année, des virus transmis par les moustiques circulent parmi la faune sauvage, créant ainsi des opportunités de propagation des infections entre différentes espèces animales. Le WNV et l’USUV infectent principalement les oiseaux, qui sont les principaux réservoirs et hôtes amplificateurs des virus, tandis que les moustiques les transmettent entre hôtes.

Les humains et la plupart des mammifères sont généralement considérés comme des hôtes sans issue car ils ne développent pas de niveaux viraux suffisants pour maintenir la transmission. Néanmoins, des études ont mis en évidence la présence de virus ou d’anticorps chez plusieurs espèces de mammifères sauvages, indiquant que ces espèces sont exposées et peuvent jouer un rôle dans l’écologie des virus.

À propos de l’étude

Aux Pays-Bas, des chercheurs ont examiné des spécimens de carnivores sauvages entre 2020 et 2023. Les animaux soumis au Centre néerlandais de santé de la faune après leur mort ont été autopsiés et des échantillons ont été obtenus auprès d’espèces appartenant à la famille des carnivores sauvages. Canidés, Mustélidéset Procyonidés familles.

Les chercheurs ont collecté et conservé des échantillons de sang, de tissus, d’écouvillons et de matières fécales dans des conditions de laboratoire appropriées avant analyse. Ces échantillons provenaient d’animaux trouvés morts, euthanasiés, d’animaux morts dans des centres de réhabilitation ou de fouines apparemment en bonne santé, abattues dans le cadre d’un programme de conservation des oiseaux nicheurs au sol.

Total acide nucléique a été extrait et analysé par réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT-PCR) pour détecter l’acide ribonucléique du VNO et de l’USUV (ARN). Ils ont effectué un séquençage du génome entier suivi d’une analyse phylogénétique sur des échantillons positifs sélectionnés afin d’identifier les souches virales et leurs relations phylogénétiques.

Des échantillons de sang total ont été recherchés à la recherche d’anticorps à l’aide d’une micropuce à protéines, et des échantillons réactifs présentant un volume restant suffisant ont ensuite été testés à l’aide d’un test de neutralisation par réduction de focalisation à 90 % (FRNT90) pour identifier des virus spécifiques anticorps neutralisants.

Les résultats moléculaires et sérologiques ont été résumés de manière descriptive et les proportions d’échantillons positifs avec des intervalles de confiance à 95 % ont été calculées à l’aide de la méthode du score de Wilson.

Résultats de l’étude

Les chercheurs ont examiné 818 carnivores sauvages des Pays-Bas entre 2020 et 2023 pour détecter la présence du WNV et de l’USUV. Les échantillons représentaient plusieurs espèces, la fouine représentant la plupart des animaux testés. Les chercheurs ont analysé des écouvillons oropharyngés et rectaux, des échantillons de poumons, de cerveau et de matières fécales pour détecter l’ARN viral, ainsi que des échantillons de sang total provenant de 413 animaux pour détecter des anticorps.

Les tests moléculaires ont détecté l’ARN USUV chez neuf des 818 animaux testés. Les animaux positifs comprenaient une belette, un blaireau eurasien, un renard roux et six fouines échantillonnés entre 2020 et 2022, mais aucun échantillon n’a été testé positif pour l’ARN du VNO.

Parmi les animaux positifs à l’ARN USUV, l’ARN viral a été détecté principalement dans les écouvillons oropharyngés et rectaux, avec moins de résultats positifs dans les échantillons pulmonaires, cérébraux et fécaux. Aucun des carnivores échantillonnés en 2023 n’a montré de preuve moléculaire de l’un ou l’autre virus.

Plusieurs détections d’ARN USUV ont eu lieu au cours de l’hiver ou au début du printemps, soulevant la possibilité d’une exposition par prédation ou par charognard lorsque l’activité des moustiques était faible, bien que l’étude n’ait pas testé cette voie de transmission.

Le séquençage basé sur l’amplicon a généré des séquences génomiques USUV partielles du blaireau eurasien et du renard roux, ainsi qu’une séquence NS5 partielle de la belette. L’analyse phylogénétique a classé le virus du blaireau dans la lignée Europe 3, tandis que les virus détectés chez la belette et le renard roux appartenaient à la lignée Africa 3. Ces séquences se sont regroupées étroitement avec des séquences virales précédemment détectées chez des oiseaux et des moustiques aux Pays-Bas, ce qui concorde avec un débordement localisé chez les carnivores à partir de cycles de transmission oiseaux-moustiques établis.

Les tests sérologiques ont identifié plus de cas d’exposition au virus que les tests moléculaires. Les 413 échantillons de sang total ont été examinés pour la première fois à l’aide de la puce à ADN, et 53 d’entre eux étaient réactifs aux anticorps liant le WNV NS1, l’USUV NS1 ou les deux antigènes.

Parmi ces échantillons réactifs, 20 avaient un volume insuffisant pour le test FRNT90, laissant 33 disponibles pour des tests de confirmation, qui ont identifié des anticorps neutralisants chez 25 animaux. Des anticorps neutralisants contre l’USUV ont été détectés chez six carnivores, tandis que huit animaux portaient des anticorps neutralisants contre le WNV.

Ces anticorps ont été identifiés exclusivement chez le renard roux et la fouine. Onze échantillons supplémentaires contenaient des anticorps neutralisant les flavivirus qui ne pouvaient pas être définitivement distingués du VNO ou de l’USUV parce que les titres d’anticorps différaient de moins de 4 fois ou que le volume de l’échantillon était insuffisant pour effectuer des tests complets.

Des anticorps contre l’un ou les deux virus ont été détectés dans plusieurs provinces néerlandaises, avec des anticorps USUV identifiés de 2020 à 2022 et des anticorps contre le WNV détectés entre 2021 et 2023.

Conclusion

Les résultats ont montré que les carnivores sauvages en liberté aux Pays-Bas sont exposés à la fois au WNV et à l’USUV, l’ARN de l’USUV étant détecté chez plusieurs espèces et des tests sérologiques identifiant l’exposition aux deux virus chez le renard roux et la fouine. Les séquences virales partielles étaient étroitement liées aux souches précédemment découvertes chez les oiseaux et les moustiques néerlandais, ce qui correspond à un débordement localisé de virus circulant au sein de cycles oiseaux-moustiques établis.

Parce que l’étude n’a pas mesuré la virémie, isolé le virus viable ou évalué si les animaux pouvaient infecter les moustiques, elle n’a pas pu déterminer si les carnivores contribuent à la transmission, au maintien ou à l’hivernage du virus. Néanmoins, des espèces largement répandues telles que le renard roux et la fouine peuvent fournir des informations sentinelles supplémentaires pour la surveillance de l’activité des arbovirus.

Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour clarifier la manière dont les mammifères sauvages contribuent à l’écologie et à la dynamique de transmission de ces virus.